Kompanijos padalinys Vilniuje – UAB „Thermo Fisher Scientific Baltics“ – kuria, gamina ir pasaulio rinkose platina produktus gyvybės mokslų tyrimams ir diagnostikai. Produktai yra plačiai naudojami visame pasaulyje tiriant genų sandarą, raišką ir įvairovę, kuriant naujus įgimtų, paveldimų ir užkrečiamųjų ligų diagnostikos metodus.„Thermo Fisher Scientific Baltics“ dirba daugiau kaip 950 aukštos kvalifikacijos specialistų. Bendrovės Mokslinių tyrimų ir eksperimentinės plėtros centre dirba virš 140 mokslininkų ir tyrėjų. Tai – vienas iš didžiausias privačių mokslinių tyrimų centrų Baltijos regione.2018 m. Bendrovei įteiktas tarptautinis Shingo apdovanojimas, skiriamas už aukščiausio lygio pasiekimus tobulinant verslo procesus. Tarptautinė Shingo instituto (Jutos universitetas, JAV) ekspertų komanda „Thermo Fisher Scientific Baltics“ pasiekimus efektyvinant procesus įvertino aukščiausiais balais – šis apdovanojimas nuo 2010 metų iš viso yra suteiktas vos daugiau kaip 20 įmonių visame pasaulyje.