Kompanijos padalinys Vilniuje – UAB „Thermo Fisher Scientific Baltics“ – kuria, gamina ir pasaulio rinką platina produktų gyvybės mokslinių tyrimų ir diagnostikos priemonės. Produktai yra plačiai naudojami visame pasaulyje tiriant genų sandarą, raišką ir įvairovę, kuriant naujus įgimtų, paveldimų ir užkrečiamųjų ligų diagnostikos metodus. „Thermo Fisher Scientific Baltics“ dirba daugiau kaip 950 aukštųjų kvalifikacijų specialistų. Bendrovės „Mokslinių tyrimų ir eksperimentinės plėtros centre dirba virš 140 mokslininkų ir tyrėjų“. Tai – vienas iš didžiausių privačių mokslinių tyrimų centrų Baltijos regione. 2018 m. bendrovei įteiktas tarptautinis Shingo apdovanojimas, skiriamas už aukščiauio lygio pasiekimus tobulinant verslo procesus. Tarptautinė Shingo instituto (Jutos universitetas, JAV) ekspertų komanda „Thermo Fisher Scientific Baltics“ pasiekimus efektyvinant procesus įvertino aukščiausiais balais – šis apdovanojimas nuo 2010 metų iš viso yra suteiktas vos daugiau kaip 20 įmonių visame pasaulyje.